Su primer libro de ficción, la colección de cuentos Los pájaros (1994), obtuvo el Premio-Beca de la revista Cultura y fue considerado uno de los mejores libros del año por el diario Página/12. A esta le siguieron dos novelas, Agua y La mujer de Wakefield, y en el año 2002 publicó de forma simultánea en España y en Argentina los cuentos breves de La vida imposible, cuya traducción al francés, La vie impossible, recibió el premio Libralire-Fernando Aguirre, que en ediciones anteriores ganaran Enrique Vila-Matas o Francisco Ayala. En 2004, su novela Todos los Funes quedó finalista del Premio Herralde y fue considerada por el Times Literary Supplement uno de los mejores libros de ese año. A finales de 2011, obtuvo en Argentina el Premio Emecé por su novela El país imaginado, que Impedimenta recuperó para el resto de lectores hispanohablantes y que se alzó con el Premio Las Américas de Novela. Impedimenta ha publicado asimismo Un padre extranjero (2016), precuela de Un hijo extranjero (2022); su colaboración con el colectivo Monobloque, Inventario de inventos (inventados) (2017) y Faster (2019). Entre los últimos libros de Eduardo Berti cabe destacar Círculo de lectores (2020), Una presencia ideal (2021), Otras palabras: jugar y crear con diccionarios (2024) y Maneras de leer (2025). En la actualidad, vive en Francia y desde 2014 es miembro del grupo Oulipo (Taller de literatura potencial), fundado por Raymond Queneau y François Le Lionnais.