Víctima en su infancia de episodios de xenofobia y de acoso escolar, y tras varios intentos de suicidio, encontró refugio en la literatura tras descubrir a Edgar Allan Poe, Dostoievski, Faulkner y Truman Capote. Creció en Yokohama y posteriormente trabajó en la compañía de teatro Tokyo Kid Brothers como actriz y asistente de dirección. En 1986, formó la compañía teatral Seishun Gogetsuto, pero pronto empezó a escribir prosa. Su primera novela, una obra semiautobiográfica titulada Ishi ni Oyogu Sakana (El pez nadando en la piedra, 1994), se convirtió en el foco de una controversia ética y legal, y no pudo ser publicada hasta 2002. Es autora, entre otras, de las novelas Furu Hausu (Casa llena, 1996), gracias a la que se alzó con el Premio Noma, y Kazoku Shinema (Cine familiar, 1997), galardonada con el premio Akutagawa. Su novela autobiográfica Inochi (Vida) fue adaptada al cine en 2002. Su obra más notable para crítica y lectores es Tokio, estación de Ueno (2014), que fue premiada en 2020 con el National Book Award de Literatura Traducida en Estados Unidos. Desde 2001, Yu Miri vive en Kamakura.